Hjá Skólamat er lögð rík áhersla á gæðamál á öllum starfsstöðvum fyrirtækisins. Gæðastjóri starfar hjá fyrirtækinu með það hlutverk að tryggja stöðug gæði, matvælaöryggi og velferð bæði viðskiptavina og starfsfólks. Starfsemin byggir á gæðakerfi þar sem ávallt er horft til þess að allur matur uppfylli ströngustu kröfur um gæði og öryggi. Skólamatur fylgir jafnframt opinberum reglum og viðmiðum sem gilda um reksturinn hverju sinni. Einungis eru keypt hráefni frá traustum, viðurkenndum íslenskum birgjum og eru gerðar miklar kröfur til þeirra – bæði hvað varðar ferskleika og gæði.